COVID-19: Vigilancia genómica para seguir los linajes del virus

Al igual que otros virus, el SARS-CoV-2 (causante del COVID-19) muta constantemente a medida que avanzan los contagios, lo que produce variaciones genéticas que pueden convertirse en nuevos linajes con características diferentes. Por esta razón, los países adelantan programas de vigilancia genómica para conocer cuáles predominan en su población y qué características tienen. La información es fundamental para tomar decisiones epidemiológicas. ¿En qué consiste esa vigilancia y cuál es su importancia?

El SARS-CoV-2, virus causante de la COVID-19, está compuesto por más 29.000 letras que conforman su genoma. Cada vez que se produce una mutación, algunas de esas letras cambian, lo que puede producir nuevos linajes o variantes que pueden traer cambios significativos en su comportamiento. Es el caso de las tres variantes de preocupación identificadas a nivel mundial y conocidas como británica (B1.1.7), brasileña (P.1) y sudafricana (B.1.351), en las cuales la evidencia apunta a que son más transmisibles. 

Colombia ya ha identificado la presencia de las dos primeras gracias a la red de vigilancia genómica del Instituto Nacional de Salud, conformada por 19 laboratorios a nivel nacional que han secuenciado cerca de 800 genomas completos e identificado 58 linajes de COVID-19 que circulan en el país.

“Tenemos una variedad de linajes en el país bastante alta, por lo cual el Instituto viene haciendo la vigilancia de todos los que son predominantes, no solo de los más conocidos”, afirma Marcela Guevara, coordinadora del Laboratorio de Secuenciación GenCore de la Universidad de los Andes, que hace parte de la red a través de la Secretaría de Salud de Bogotá.

Este laboratorio adelanta un muestreo y análisis de forma consistente desde enero de este año y a mediados de abril identificó la circulación de las variantes británica y brasileña en la capital.

“Lo importante de este trabajo es estar alerta de la entrada y circulación de los distintos linajes para determinar cuál es predominante y así tomar las medidas epidemiológicas correspondientes para controlar su dispersión”, explica Silvia Restrepo, vicerrectora de Investigación y Creación de Los Andes.

La biologa asegura que en este mundo globalizado era imposible que estas variantes no llegaran al país y aclara que lo realmente primordial era saber cuándo lo hacían.

De acuerdo con los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades de EE. UU. (CDC), estos procesos permiten identificar si una variante tiene mayor capacidad para propagarse, causar una enfermedad más leve o grave, impedir su detección mediante algunas pruebas diagnósticas, menos susceptibilidad a tratamientos médicos o la capacidad para eludir la inmunidad natural o inducida por la vacuna.
 

Una labor titánica

Esa identificación se realiza a través de la compación de más de 29.000 letras de los genomas de SARS-CoV-2 conocidos, con las de las variantes que se encuentran en el país, un proceso que puede tardar entre 10 y 15 días.

“Esto es más complicado que el proceso de diagnóstico, por lo que salen pocos genomas”, asevera Restrepo, quien explica que en el país hay pocos laboratorios capaces de sacar la secuencia completa del genoma de un virus e incluso de un organismo. A esto se le suma que “un proceso de secuenciación es dispendioso y muy costoso, más en Colombia que en otras partes del mundo porque tenemos que pasar por distribuidores, procesos de importación...”.

Para optimizarlo, se seleccionan las muestras sospechosas de ser positivas por una variante según una serie de criterios definidinos por el INS: que se tenga una PCR positiva, el tiempo en UCI del paciente, si es de personal de salud o fuerzas armadas, si se comprueba reinfección, entre otros.

El proceso, que incluye varios controles calidad, produce “de 10 a 50 gigas de información por muestra, a partir de la cual comienza el proceso de análisis individual para entender a qué linajes pertenece cada una, cruzarlas con las bases de datos de mutaciones y ver si son nuevas o no”, explica Guevara.

Al final, si cumplen con los criterios de calidad de la red de vigilancia genómica y se cuenta con la autorización del INS, las secuencias son cargadas en la plataforma GISAID, que facilita el acceso abierto a los datos genómicos del virus a nivel mundial.