GenCore: primer laboratorio colombiano certificado por Oxford Nanopore

“En Colombia se puede hacer ciencia y no siempre necesitamos trasladar las muestras al exterior para poder conocer la diversidad genética de los organismos”, afirma Marcela Guevara, líder de GenCore, el Centro de Secuenciación de la Universidad de los Andes.

Y es que este laboratorio fue el primero de una universidad en realizar pruebas para la detección del covid - 19 y entregar información clave a las autoridades de salud para contrarrestar los efectos de la pandemia. Un espacio en donde, además, se puede secuenciar muestras asociadas a suelos, sedimentos marinos y patógenos de interés en salud pública como Leishmania spp., el desencadenante de leishmaniasis, una enfermedad que causa úlceras en la piel, fiebre e inflamación grave del hígado, muy frecuente en habitantes de lugares tropicales.

“La secuenciación es fundamental para estudiar los procesos de evolución y la detección precoz de síndromes. Por ejemplo, mediante este proceso las personas pueden saber si tienen predisposición a desarrollar cáncer o conocer la procedencia de sus ancestros”, añade Marcela.

Desde 2021, GenCore ha implementado tecnologías de última generación de Oxford Nanopore Technologies, la prestigiosa empresa que desarrolla productos de secuenciación de nanoporos. Uno de ellos es MinION, un secuenciador portátil del tamaño de una tableta, que posibilita procesar las muestras en campo. El otro es GridION, un equipo que tiene forma de impresora y puede analizar información genética en cinco celdas diferentes.

El MinION es un secuenciador portátil que posibilita procesar las muestras en campo.

Para su funcionamiento, los investigadores tienen que extraer el material genético con el que van a trabajar y colocarlo en la celda. De esa manera, los electroporos de los secuenciadores van tomando las hebras de la muestra y emitiendo señales eléctricas que ayudan a descifrar los códigos genéticos.

Gracias a estos equipos, GenCore fue el laboratorio universitario que más pruebas positivas de covid-19 secuenció durante la pandemia. A partir de su ingreso a la red de vigilancia genómica de SARS-CoV-2, liderada por el Instituto Nacional de Salud, superó los 5.000 genomas analizados. Una cifra record para este tipo de procesos.

Además, se detectaron múltiples variantes del virus por primera vez en Bogotá. Entre ellas la “alfa”, que se originó en el Reino Unido y estuvo en el listado de las más preocupantes, según la Organización Mundial de la Salud (OMS).

“Estas plataformas son claves para procesar rápidamente y obtener resultados. En la pandemia pudimos secuenciar en menos de una semana aquellos genomas que antes se estaban demorando alrededor de cuatro semanas”, explica la doctora en Biomedicina de la Universitat Rovira i Virgili (España).

Equipo del GenCore: Daniela Naranjo, analista de laboratorio; Mariana Restrepo, profesional de investigación; Fidias David González, analista de laboratorio; Marcela Guevara, líder Core de Secuenciación; María Fernanda Ortiz, analista de laboratorio.

Las tecnologías con las que cuenta GenCore también han permitido que en Los Andes se secuencien microbiomas y patógenos presentes en plantas de interés agrícola como el chontaduro o el café. El propósito es hallar qué las puede enfermar y cómo se propaga ese daño.

Los equipos del Centro de Secuenciación GenCore de la Universidad de los Andes y la excelencia de los proyectos, posibilitaron que Oxford Nanopore Technologies lo certificara en abril de 2023. Para concederle ese logro, el fabricante envió diversos tipos de muestras y los resultados generados por GenCore superaron el umbral de calidad.

Es así como este Centro de Secuenciación es el primer laboratorio en Colombia y segundo en Latinoamérica en obtener dicha certificación internacional (el primero está ubicado en Uruguay y hace parte del Instituto Pasteur). Sin embargo, el plus de GenCore es que es pionero en procesar muestras diferentes a las de origen humano.

“Este logro les garantiza a nuestros usuarios que somos un equipo que está entrenado en tecnología y ofrece servicios de la más alta calidad. Tenemos las aptitudes para revelar información inédita y de impacto”, concluye la bacterióloga, magíster en Ciencias Biológicas de Los Andes.

Certificado otorgado al laboratorio GenCore por Oxford Nanopore Technologies.