Para su gobierno y dirección académica y administrativa, la Universidad cuenta con un Consejo Superior, un Comité Directivo, un Rector, uno o varios vicerrectores, un Secretario General, un Consejo Académico, los decanos y jefes de Departamento, los Consejos de Facultad y todos los demás funcionarios y dependencias administrativas y académicas necesarias para el funcionamiento de la Institución.

El gobierno de la Universidad está a cargo del Consejo Superior, mientras que su dirección y administración corresponden al Comité Directivo.

El Consejo Superior, el máximo órgano de dirección de la Universidad, está conformado por personas de reconocida experiencia y conocimiento, que actúan ad honorem, sin recibir remuneración. Estas personas tienen un fuerte espíritu de servicio desinteresado y un compromiso a largo plazo con la Universidad, alineado con los intereses de la comunidad uniandina y la sociedad en general.

Los miembros del Consejo Superior provienen de distintos sectores de la sociedad colombiana: académicos, empresarios, emprendedores, diseñadores de políticas públicas, periodistas, estudiantes, entre otros. Se dividen en dos categorías: ordinarios, con voz y voto, y honorarios, con voz pero sin voto.
 

Los consejeros ordinarios se clasifican como numerarios o permanentes. Las elecciones para miembros ordinarios del Consejo Superior se realizan en el mes de junio de los años impares. Quienes aspiran a ser nuevos miembros numerarios del Consejo Superior pasan por un proceso de entrevistas con los órganos directivos para entender de qué se trata y cuál es el aporte esperado.

Además, los estudiantes y los profesores tienen representación en el Consejo Superior de la Universidad de los Andes.

Dentro de la Universidad de los Andes existen otros órganos de gobierno como el Comité Directivo, el Consejo Académico y los Consejos de Facultad. Es importante señalar que el Comité Directivo está conformado por miembros numerarios del Consejo Superior. Bajo esta gobernanza, puesta al servicio del país, Uniandes no tiene dueños, sino un grupo de fundadores.
 

Los Andes opera bajo un modelo de gobernanza compartida. Escuchar a diversas comunidades es crucial para identificar las necesidades de Colombia. La gobernanza compartida permite que egresados, estudiantes, profesores y empleados de la Universidad contribuyan a esta visión y propósito.
 

En los máximos órganos de gobierno de la Universidad, como el Consejo Superior y el Consejo Académico, hay representación de profesores y estudiantes, elegidos democráticamente. Los estudiantes eligen a sus representantes ante el Consejo Superior, el Consejo Académico y los consejos de facultad mediante votación democrática.
 

La gobernanza compartida, además de incluir a estos representantes, implica que las decisiones importantes de la Universidad requieren consensos logrados a través de diálogos extensos con diversas audiencias.

Según su naturaleza jurídica, las Instituciones de Educación Superior (IES) en Colombia de origen privado pueden organizarse como: personas jurídicas de utilidad común, sin ánimo de lucro, organizadas como corporaciones, fundaciones o instituciones de economía solidaria.
 

La categoría de “sin ánimo de lucro" se refiere a que la finalidad principal de Uniandes no es generar ganancias o beneficios económicos para individuos específicos, sino perseguir unos objetivos sociales, educativos, culturales, científicos o benéficos. Cualquier excedente financiero que se genere a partir de sus actividades es reinvertido para mejorar sus servicios, cumplir su misión y alcanzar sus objetivos, en lugar de distribuirse como beneficios entre un grupo de personas.

La reinversión en la calidad de la educación significa: contratación de profesores, inversión en construcción o mantenimiento de infraestructura física del campus, fortalecimiento de la infraestructura tecnológica que apalanca las actividades educativas, becas para estudiantes en condición de vulnerabilidad socioeconómica, entre otras.